acore.types package#
Collect common types of pandas DataFrames used in the package.
Documentation of DataFrame Models API: https://pandera.readthedocs.io/en/stable/dataframe_models.html
- check_numeric_dataframe(df: DataFrame) DataFrame[source]#
Check if the DataFrame contains only numeric data. returns the DataFrame again if it is valid (allowing chaining).
- select_numeric_columns(df: DataFrame) DataFrame[source]#
Select only numeric columns from the DataFrame.
- build_schema_all_floats(df: DataFrame) DataFrameSchema[source]#
Build a schema that checks if all columns are float, potentially containing NaN values.
Submodules#
- acore.types.differential_analysis module
AnovaSchemaAnovaSchema.group1AnovaSchema.group2AnovaSchema.mean_group1AnovaSchema.std_group1AnovaSchema.mean_group2AnovaSchema.std_group2AnovaSchema.t_statisticsAnovaSchema.pvalueAnovaSchema.log2FCAnovaSchema.FCAnovaSchema.padjAnovaSchema.correctionAnovaSchema.rejectedAnovaSchema.neg_log10_p_valueAnovaSchema.MethodAnovaSchema.ConfigAnovaSchema.Config.add_missing_columnsAnovaSchema.Config.coerceAnovaSchema.Config.descriptionAnovaSchema.Config.drop_invalid_rowsAnovaSchema.Config.dtypeAnovaSchema.Config.from_formatAnovaSchema.Config.from_format_kwargsAnovaSchema.Config.metadataAnovaSchema.Config.multiindex_coerceAnovaSchema.Config.multiindex_nameAnovaSchema.Config.multiindex_orderedAnovaSchema.Config.multiindex_strictAnovaSchema.Config.multiindex_uniqueAnovaSchema.Config.nameAnovaSchema.Config.orderedAnovaSchema.Config.strictAnovaSchema.Config.titleAnovaSchema.Config.to_formatAnovaSchema.Config.to_format_bufferAnovaSchema.Config.to_format_kwargsAnovaSchema.Config.uniqueAnovaSchema.Config.unique_column_names
AnovaSchema.build_schema_()AnovaSchema.empty()AnovaSchema.example()AnovaSchema.from_json()AnovaSchema.from_yaml()AnovaSchema.get_metadata()AnovaSchema.pydantic_validate()AnovaSchema.strategy()AnovaSchema.to_json()AnovaSchema.to_json_schema()AnovaSchema.to_schema()AnovaSchema.to_yaml()AnovaSchema.validate()
AnovaSchemaMultiGroupAnovaSchemaMultiGroup.t_statisticsAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_pvalueAnovaSchemaMultiGroup.f_statisticsAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_padjAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_pairedAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_parametricAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_dofAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_tailAnovaSchemaMultiGroup.posthoc_BF10AnovaSchemaMultiGroup.posthoc_effsizeAnovaSchemaMultiGroup.efftypeAnovaSchemaMultiGroup.ConfigAnovaSchemaMultiGroup.Config.add_missing_columnsAnovaSchemaMultiGroup.Config.coerceAnovaSchemaMultiGroup.Config.descriptionAnovaSchemaMultiGroup.Config.drop_invalid_rowsAnovaSchemaMultiGroup.Config.dtypeAnovaSchemaMultiGroup.Config.from_formatAnovaSchemaMultiGroup.Config.from_format_kwargsAnovaSchemaMultiGroup.Config.metadataAnovaSchemaMultiGroup.Config.multiindex_coerceAnovaSchemaMultiGroup.Config.multiindex_nameAnovaSchemaMultiGroup.Config.multiindex_orderedAnovaSchemaMultiGroup.Config.multiindex_strictAnovaSchemaMultiGroup.Config.multiindex_uniqueAnovaSchemaMultiGroup.Config.nameAnovaSchemaMultiGroup.Config.orderedAnovaSchemaMultiGroup.Config.strictAnovaSchemaMultiGroup.Config.titleAnovaSchemaMultiGroup.Config.to_formatAnovaSchemaMultiGroup.Config.to_format_bufferAnovaSchemaMultiGroup.Config.to_format_kwargsAnovaSchemaMultiGroup.Config.uniqueAnovaSchemaMultiGroup.Config.unique_column_names
AnovaSchemaMultiGroup.FCAnovaSchemaMultiGroup.MethodAnovaSchemaMultiGroup.build_schema_()AnovaSchemaMultiGroup.correctionAnovaSchemaMultiGroup.empty()AnovaSchemaMultiGroup.example()AnovaSchemaMultiGroup.from_json()AnovaSchemaMultiGroup.from_yaml()AnovaSchemaMultiGroup.get_metadata()AnovaSchemaMultiGroup.group1AnovaSchemaMultiGroup.group2AnovaSchemaMultiGroup.log2FCAnovaSchemaMultiGroup.mean_group1AnovaSchemaMultiGroup.mean_group2AnovaSchemaMultiGroup.neg_log10_p_valueAnovaSchemaMultiGroup.padjAnovaSchemaMultiGroup.pvalueAnovaSchemaMultiGroup.pydantic_validate()AnovaSchemaMultiGroup.rejectedAnovaSchemaMultiGroup.std_group1AnovaSchemaMultiGroup.std_group2AnovaSchemaMultiGroup.strategy()AnovaSchemaMultiGroup.to_json()AnovaSchemaMultiGroup.to_json_schema()AnovaSchemaMultiGroup.to_schema()AnovaSchemaMultiGroup.to_yaml()AnovaSchemaMultiGroup.validate()
AncovaSchemaAncovaSchema.t_statisticsAncovaSchema.posthoc_pvalueAncovaSchema.coefAncovaSchema.std_errAncovaSchema.conf_int_lowAncovaSchema.conf_int_uppAncovaSchema.f_statisticsAncovaSchema.posthoc_padjAncovaSchema.ConfigAncovaSchema.Config.add_missing_columnsAncovaSchema.Config.coerceAncovaSchema.Config.descriptionAncovaSchema.Config.drop_invalid_rowsAncovaSchema.Config.dtypeAncovaSchema.Config.from_formatAncovaSchema.Config.from_format_kwargsAncovaSchema.Config.metadataAncovaSchema.Config.multiindex_coerceAncovaSchema.Config.multiindex_nameAncovaSchema.Config.multiindex_orderedAncovaSchema.Config.multiindex_strictAncovaSchema.Config.multiindex_uniqueAncovaSchema.Config.nameAncovaSchema.Config.orderedAncovaSchema.Config.strictAncovaSchema.Config.titleAncovaSchema.Config.to_formatAncovaSchema.Config.to_format_bufferAncovaSchema.Config.to_format_kwargsAncovaSchema.Config.uniqueAncovaSchema.Config.unique_column_names
AncovaSchema.build_schema_()AncovaSchema.empty()AncovaSchema.example()AncovaSchema.from_json()AncovaSchema.from_yaml()AncovaSchema.get_metadata()AncovaSchema.pydantic_validate()AncovaSchema.strategy()AncovaSchema.to_json()AncovaSchema.to_json_schema()AncovaSchema.to_schema()AncovaSchema.to_yaml()AncovaSchema.validate()
- acore.types.enrichment_analysis module
EnrichmentAnalysisSchemaEnrichmentAnalysisSchema.termsEnrichmentAnalysisSchema.identifiersEnrichmentAnalysisSchema.foregroundEnrichmentAnalysisSchema.backgroundEnrichmentAnalysisSchema.foreground_popEnrichmentAnalysisSchema.background_popEnrichmentAnalysisSchema.pvalueEnrichmentAnalysisSchema.padjEnrichmentAnalysisSchema.rejectedEnrichmentAnalysisSchema.directionEnrichmentAnalysisSchema.comparisonEnrichmentAnalysisSchema.ConfigEnrichmentAnalysisSchema.Config.add_missing_columnsEnrichmentAnalysisSchema.Config.coerceEnrichmentAnalysisSchema.Config.descriptionEnrichmentAnalysisSchema.Config.drop_invalid_rowsEnrichmentAnalysisSchema.Config.dtypeEnrichmentAnalysisSchema.Config.from_formatEnrichmentAnalysisSchema.Config.from_format_kwargsEnrichmentAnalysisSchema.Config.metadataEnrichmentAnalysisSchema.Config.multiindex_coerceEnrichmentAnalysisSchema.Config.multiindex_nameEnrichmentAnalysisSchema.Config.multiindex_orderedEnrichmentAnalysisSchema.Config.multiindex_strictEnrichmentAnalysisSchema.Config.multiindex_uniqueEnrichmentAnalysisSchema.Config.nameEnrichmentAnalysisSchema.Config.orderedEnrichmentAnalysisSchema.Config.strictEnrichmentAnalysisSchema.Config.titleEnrichmentAnalysisSchema.Config.to_formatEnrichmentAnalysisSchema.Config.to_format_bufferEnrichmentAnalysisSchema.Config.to_format_kwargsEnrichmentAnalysisSchema.Config.uniqueEnrichmentAnalysisSchema.Config.unique_column_names
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- acore.types.exploratory_analysis module
TwoComponentSchemaTwoComponentSchema.groupTwoComponentSchema.xTwoComponentSchema.yTwoComponentSchema.ConfigTwoComponentSchema.Config.add_missing_columnsTwoComponentSchema.Config.coerceTwoComponentSchema.Config.descriptionTwoComponentSchema.Config.drop_invalid_rowsTwoComponentSchema.Config.dtypeTwoComponentSchema.Config.from_formatTwoComponentSchema.Config.from_format_kwargsTwoComponentSchema.Config.metadataTwoComponentSchema.Config.multiindex_coerceTwoComponentSchema.Config.multiindex_nameTwoComponentSchema.Config.multiindex_orderedTwoComponentSchema.Config.multiindex_strictTwoComponentSchema.Config.multiindex_uniqueTwoComponentSchema.Config.nameTwoComponentSchema.Config.orderedTwoComponentSchema.Config.strictTwoComponentSchema.Config.titleTwoComponentSchema.Config.to_formatTwoComponentSchema.Config.to_format_bufferTwoComponentSchema.Config.to_format_kwargsTwoComponentSchema.Config.uniqueTwoComponentSchema.Config.unique_column_names
TwoComponentSchema.build_schema_()TwoComponentSchema.empty()TwoComponentSchema.example()TwoComponentSchema.from_json()TwoComponentSchema.from_yaml()TwoComponentSchema.get_metadata()TwoComponentSchema.pydantic_validate()TwoComponentSchema.strategy()TwoComponentSchema.to_json()TwoComponentSchema.to_json_schema()TwoComponentSchema.to_schema()TwoComponentSchema.to_yaml()TwoComponentSchema.validate()
TwoLoadingsSchemaTwoLoadingsSchema.valueTwoLoadingsSchema.ConfigTwoLoadingsSchema.Config.add_missing_columnsTwoLoadingsSchema.Config.coerceTwoLoadingsSchema.Config.descriptionTwoLoadingsSchema.Config.drop_invalid_rowsTwoLoadingsSchema.Config.dtypeTwoLoadingsSchema.Config.from_formatTwoLoadingsSchema.Config.from_format_kwargsTwoLoadingsSchema.Config.metadataTwoLoadingsSchema.Config.multiindex_coerceTwoLoadingsSchema.Config.multiindex_nameTwoLoadingsSchema.Config.multiindex_orderedTwoLoadingsSchema.Config.multiindex_strictTwoLoadingsSchema.Config.multiindex_uniqueTwoLoadingsSchema.Config.nameTwoLoadingsSchema.Config.orderedTwoLoadingsSchema.Config.strictTwoLoadingsSchema.Config.titleTwoLoadingsSchema.Config.to_formatTwoLoadingsSchema.Config.to_format_bufferTwoLoadingsSchema.Config.to_format_kwargsTwoLoadingsSchema.Config.uniqueTwoLoadingsSchema.Config.unique_column_names
TwoLoadingsSchema.build_schema_()TwoLoadingsSchema.empty()TwoLoadingsSchema.example()TwoLoadingsSchema.from_json()TwoLoadingsSchema.from_yaml()TwoLoadingsSchema.get_metadata()TwoLoadingsSchema.groupTwoLoadingsSchema.pydantic_validate()TwoLoadingsSchema.strategy()TwoLoadingsSchema.to_json()TwoLoadingsSchema.to_json_schema()TwoLoadingsSchema.to_schema()TwoLoadingsSchema.to_yaml()TwoLoadingsSchema.validate()TwoLoadingsSchema.xTwoLoadingsSchema.y
AnnotationResult